Die Stadt Županja liegt im Osten Kroatiens, den man regional und historisch Slawonien nennt. Županja erstreckt sich auf einer Fläche von 89,94 Quadratkilometer entlang des Flusses Sava und ist das Zentrum der Mikroregion „Županjska Posavina“. Die Stadt befindet sich auf 80 Meter Meereshöhe, mit den geographischen Koordinaten 45°07′ N i 18°70′ E.
Županja ist ein Verkehrsknotenpunkt in den West-Ost und Nord-Süd Richtungen. Neben Županja befindet sich die A3 Autobahn, die Europa mi dem Nahen Osten verbindet. Auf der anderen Seite geht über die Sava eine Straßenbrücke, die zugleich ein Grenzpunkt ins benachbarte Bosnien und Herzegowina ist. Županjas Nachbarstädte sind Vinkovci im Norden und Slavonski Brod im Westen, und auf bosnischer Seite liegen Orašje (südlich) und Brčko (südostlich) der Stadt.
